诊断后，通过从婴儿饮食结构中完全断绝牛奶蛋白（CMPs）来进行CMPA膳食管理。完全母乳喂养的婴儿也可能会患有CMPA。若母乳喂养的婴儿被诊断为CMPA，母亲就要饮食中完全断绝牛奶蛋白。
这时仍然鼓励母亲继续进行母乳喂养，但若此法行不通，则可使用特殊的婴儿配方奶粉喂养患有CMPA的婴幼儿，以减少或完全断绝致敏成分。这些婴儿配方奶粉中含有婴儿健康成长和发育所需足够营养。CMPA膳食管理有两种不同的配方奶粉：
深度水解配方奶粉，*或称“eHFs”，在这种奶粉中牛奶蛋白被深度水解成为肽分子。因此，其比全脂配方奶具有更低致敏性，且易被大多数对牛奶或大豆蛋白过敏的儿童接受。
氨基酸配方奶粉 （AAFs）含有游离氨基酸、不会引起过敏。当宝宝不耐受深度水解配方奶时推荐使用本奶粉，或是当宝宝症状极其严重、危及生命（过敏性反应或应激反应）时推荐此奶粉为一线疗法。1
*注意： 部分水解配方奶粉（pHFs）有时同样具有低致敏性；但是pHFs不能作为确诊CMPA患者饮食疗法使用。