CMPA的非特异性体征与症状范围从疝气及反流到便秘、失眠、湿疹、腹泻和哭闹多种多样，这让诊断十分困难。症状涉及许多不同器官系统，主要是皮肤、胃肠及呼吸道系统。若症状涉及两种或多种器官系统，则患CMPA的可能性增大。
消化系统
- 吞咽困难
- 反胃与反流
- 疝气
- 腹痛
- 呕吐-厌食、拒绝进食
- 腹泻±肠蛋白或血小板数量减少
- 便秘±肛周皮疹
- 发育不良
- 隐匿性出血
- 缺铁性贫血
多达60%的患病婴幼儿出现消化系统症状
呼吸系统
- 流鼻涕及打喷嚏
- 哮喘
- 慢性咳嗽（与感染无关）
多达30%的患病婴幼儿出现呼吸系统症状
皮肤
- 荨麻疹
- 特应性皮炎（湿疹
- 皮疹
- 血管性水肿
多达70%的患病婴幼儿出现皮肤症状。
综合
- 过敏性反应
- 伴随严重代谢性酸中毒的休克样症状
- 婴儿失眠症
- 哭闹不止
哭闹不止是患有CMPA的婴幼儿的常见症状，而过敏性反应则十分稀少。